I verksamhetsområdet Läkemedelsmarknaden analyseras hälsoekonomiska villkor och incitament på läkemedelsmarknaden såväl för tillverkare, finansiärer, myndigheter och apotek som för förskrivare och patienter.

Exempel på projekt är uppföljning av dels pris- och subventionssystem för läkemedel i öppen och sluten vård, dels åtgärder i syfte att förbättra läkemedelsförskrivningen och patienters läkemedelsanvändning.

Under senare tid har ett flertal projekt som berör prioriteringar av läkemedel genomförts. Studierna berör frågor som: vilka faktorer ökar respektive minskar förutsättningar för öppna och legitima prioriteringar av läkemedel i den svenska läkemedelsförmånen, vilka kriterier tillämpas vid beslut av subvention för receptläkemedel och hur påverkas förskrivarnas val av läkemedel av ekonomiska styrmedel såsom exempelvis decentraliserat kostnadsansvar och målbaserad ersättning.