IHE har lång erfarenhet av att arbeta med hälsoekonomiska frågor i utvecklingsländer. Inom området genomförs t.ex. analyser och utvärderingar av resursflöden, prioriteringar, finansieringsalternativ, ersättningssystem och tillgänglighet till sjukvård med syfte att utveckla och stärka hälsosystem i dessa länder. Projekten görs ofta i nära samarbete med hälsoministerier, lokala forskare, internationella organisationer och biståndsorganisationer.

Exempel på projekt är ett institutionellt samarbete mellan IHE och Department of Economics vid University of Zambia och hälsoministeriet i Zambia. Detta projekt bedrevs 1994-2006 med finansiering av Sida och bidrog till att bygga upp den hälsoekonomiska kompetensen i Zambia.

Ett annat exempel på ett flerårigt projekt är IHEs arbete med National Health Accounts (Nationella hälso- och sjukvårdsräkenskaper), som bedrevs 2002-2007. I detta arbete medverkade IHE bl.a. i utvecklingen av en global standard på området (NHA Producers guide), studerade användningen av NHA i olika länder samt organiserade och medverkade i olika konferenser.

IHE har gjort flera fallstudier i södra Afrika avseende finansiering och policyimplementering i hälsosektorn. Personal på IHE har också god erfarenhet av hälsoreformarbete på Balkan.